Il Museo d'arte sacra raccoglie dipinti, sculture e oggetti sacri provenienti dalle chiese del Vicariato di Certaldo, già custoditi nella canonica della propositura di S.Tommaso, nella parte moderna della cittadina patria di Giovanni Boccaccio. La raccolta delle opere d'arte è collocata nel complesso agostiniano dei SS.Jacopo e Filippo e nella sede della Compagnia del Preziosissimo Sangue di Gesù, già della SS. Annunziata. Presenti opere di Cenni di Francesco di Ser Cenni, Segna di Bonaventura, Ugolino di Nerio. L'opera di maggior pregio è il suggestivo Crocifisso ligneo della seconda metà del secolo XIII, un Cristo triumphans - cioè il Cristo vivo che trionfa sulla morte - esemplare tra i più originali della scultura medievale italiana.